Le due navate minori, che hanno tre altari per ogni lato, si prolungano sin dietro l’abside in un ambulacro arricchito da quattro cappelline semicircolari. L’insieme delle costruzioni è armonizzato da strutture contrastanti, in perfetto equilibrio di masse, studiato in modo da non subire effetti di spostamento per qualsiasi causa.
Sull'Altare maggiore e' la veneratissima Madonna di Pompei, tela seicentesca, della scuola di Luca Giordano, restaurata nel 1965, adorna di gemme e racchiusa entro una ricca cornice di bronzo; attorniata dai Misteri del Rosario, dipinti su rame da Vincenzo Paliotti. Le cappellette laterali del tempio sono dedicate a Santi particolarmente venerati nel Santuario; nella volta (catino) sono rappresentati i misteri del Rosario realizzati in mosaico dalla Scuola Vaticana.L’interno, di 2.000 mq, può accogliere circa 6.000 persone. La cubatura totale è di 40.000 metri.